Het officiële verhaal van Atta’s uitstapje naar Portland bevat drie mysteries:

1. Waarom werd de bagage van Atta niet aan boord van AA11 geladen? In een artikel in Newsday uit 2006 wordt erop gewezen dat er in de beëdigde verklaring “niet wordt verklaard waarom die bagage niet aan boord werd geladen.” [12]
   • Het niet aan boord laden kan niet worden toegeschreven aan vertraging van de vlucht: De pendelvlucht terug naar Boston was op tijd, dus was er een uur tot het geplande vertrek van AA11. [13]
   • Het kan ook niet worden verklaard door onachtzaamheid van het grondpersoneel want “Atta was de enige van de 81 passagiers aan boord van American Vlucht 11 wiens bagage niet aan boord kwam, bevestigden bronnen binnen de luchtvaartmaatschappij.” [14]
2. Waarom zou Atta zijn testament in een tas hebben gestopt die aan boord zou worden geladen van een vlucht die hij in het World Trade Center wilde vliegen?
3. Waarom zou Atta dat riskante uitstapje naar Portland hebben gemaakt?

De redenen waarom deze raadsels bestaan worden duidelijk in het licht van nieuwsberichten in de eerste dagen na 11 september:

• Volgens berichten op CNN op 12 september en de ochtend van 13 september reden twee leden van al Qaeda, Adnan Bukhari en Ameer Bukhari, een gehuurde Nissan naar Portland, overnachtten daar, en vlogen de volgende ochtend terug naar Boston, op tijd om aan boord van AA 11 te gaan. [15]
• Voor al Qaeda belastende materialen werden door autoriteiten gevonden in een Mitsubishi sedan die was gehuurd door Mohamed Atta en daarna achter werd gelaten op de parkeerplaats van Logan Vliegveld in Boston. [16]
• Tot op dat moment was dit het officiële verhaal, maar later op de middag van 13 september berichtte CNN met excuses dat geen van beide Bukharis op 11 september had kunnen sterven: Adnan Bukhari leefde nog en Ameer Bukhari was het jaar daarvoor overleden. [17]
• Op 14 september, hoewel CNN bleef berichten dat Mohamed Atta een gehuurde Mitsubishi achter had gelaten op Logan Airport in Boston, [18] verklaarde Associated Press dat de gehuurde Nissan door Mohamed Atta naar Portland was gereden, die met zijn metgezel “de nacht doorbracht in de Comfort Inn in Zuid Portland voordat ze de volgende ochtend het vliegtuig namen.” [19]
• Dit bericht meldde nog steeds dat autoriteiten belastend materiaal hadden gevonden dat door Atta was achtergelaten in een huurauto op Logan Airport in Boston, hoewel dit deel van het verhaal onsamenhangend was, omdat het nieuwe verhaal inhield dat Atta zijn gehuurde Nissan achter had moeten laten op de parkeerplaats van het vliegveld in Portland.
• Op 16 september verscheen wat de overgang zou worden naar het officiële verhaal in de Washington Post: Naast te verklaren dat “Atta en al Omari een auto huurden in Boston, naar Portland, Maine reden en op maandagavond een kamer boekten in de Comfort Inn,” meldde het ook dat Atta’s belastende materialen “achter waren gelaten in zijn bagage op Logan Airport in Boston.” [20]
• Tegen 5 oktober had de FBI een chronologie gemaakt van de vermeende bewegingen van Atta en al Omari in Portland op 10 september, compleet met video’s en foto’s. [21] Intern bewijs wijst echter uit dat deze chronologie een fabricatie was. [22]
• Intern bewijs laat tevens zien dat de voornoemde beëdigde verklaring – die aangaf dat de FBI vanaf het begin had beweerd dat (a) Atta de Nissan naar Portland had gereden en (b) het belastend materiaal werd gevonden in zijn bagage in Logan Airport – niet geschreven en gedateerd had kunnen zijn op 12 september. [23]

Zoals valt op te maken uit de ontwikkeling van het verhaal van twee leden van al Qaeda die van Portland naar Boston vlogen, bevatte het oorspronkelijke verhaal geen onverklaarbare raadsels.

Nadat men zich echter realiseerde dat de broers Bukhari niet hadden kunnen sterven aan boord van AA11 ontstonden de drie mysteries – 1) waarom Atta’s bagage niet aan boord van AA Vlucht 11 was geladen, 2) waarom hij zijn testament in een tas had gestopt die aan boord zou worden geladen van die verdoemde vlucht, en 3) waarom hij het riskante uitstapje naar Portland had gemaakt – als bijproducten van het in elkaar draaien, in de loop van een aantal dagen, van een herziene versie van het oorspronkelijke verhaal (volgens welk Atta en al Omari de broers Bukhari vervingen als de al Qaeda-leden die een gehuurde Nissan naar Portland reden).

Hoewel het een ingewikkeld verhaal is suggereert het dat wat het officiële verhaal werd hoogstwaarschijnlijk was gebaseerd op een creatieve verbeeldingskracht, niet op feiten.