La Comisión 11-S y los medios de comunicación han aceptado la idea de que los cuatro aviones del 11-S fueron difíciles de rastrear porque los secuestradores apagaron o cambiaron las señales de los transpondedores.

El reporte oficial sostuvo que la información de los radares se perdió en tres de los cuatro aviones del 11-S porque los secuestradores, después de tomar el control de las cabinas de comando de los 3 aviones, apagaron manualmente los transpondedores con el propósito de evadir la detección y la intercepción del Sistema de Defensa Aérea de los Estados Unidos.

Esta conclusión en apariencia esta basada únicamente en información circunstancial, la pérdida de la data de vuelo del Control de Tráfico Aéreo (ATC).

De todas maneras, hasta la fecha, estas desactivaciones manuales de los transpondedores aún no han podido ser verificadas por el ATC.

La Comisión del 11-S explicó lo siguiente:

• “El 11-S, los transpondedores de tres de los cuatro aviones fueron apagados por los secuestradores.
  Si bien esto reviste mayor dificultad, es posible rastrear un avión aún con el transpondedor apagado captando solo el retorno primario del radar. Pero a diferencia de la data del transpondedor, el retorno primario del radar no acredita ni la identidad del avión ni la altitud de vuelo.
  Los controladores de los centros aéreos confían de tal manera en las señales emitidas por los transpondedores, que por lo general no visualizan en pantalla el retorno primario del radar. No obstante pueden hacerlo cambiando la configuración del mismo. Eso hicieron el 11-S, cuando las señales de los transpondedores de los tres aviones desaparecieron.” [2]
• “A las 8:21, el vuelo de American 11 apagó su transpondedor, distorsionando inmediatamente la información disponible sobre la aeronave. El controlador informó a su supervisor que algo andaba mal, aunque nadie sospechó que se tratase de un secuestro. El supervisor ordenó al controlador seguir con los procedimientos estándar para aeronaves ‘sin radio’.” [3]
• “Debido a que los secuestradores desactivaron el transpondedor del avión, el personal del NEAD pasó los siguientes minutos rastreando el retorno del radar. El vuelo del American 11 chocó con la Torre Norte a las 8:46.” [4]
• “A las 8:51, el controlador notó un cambio en el transpondedor del United 175 y trató de contactar a la aeronave. No hubo respuesta.” [5]
• “A las 8:54, el avión (American 77) se desvió de su curso asignado, virando al sur. Dos minutos después el transpondedor fue apagado perdiéndose contacto con el retorno primario del radar.” [6]
• “La imposibilidad de lograr un retorno de la señal primaria del radar del American 77 nos llevó a investigar a fondo esta cuestión. La reconstrucción de emisiones del radar realizada después del 11-S reveló que el equipo de radar FAA, rastreó el vuelo desde el momento en que el transpondedor fue apagado a las 8:56.” [7]
• “En el American 11, la señal del transpondedor fue apagada a las 8:21, en el United 175 el código fue modificado a las 8:47; en el American 77, la señal fue apagada a las 8:56; en el United 93 la señal fue apagada a las 9:41.” [8]

• El reporte de la Comisión del 11-S no provee ninguna evidencia que muestre que los secuestradores hayan desactivado manualmente los transpondedores para causar la pérdida de la data ATC (Control de Trafico Aereo).
• La Junta Nacional de Seguridad del Transporte (NTSB) y la Dirección Federal de Aviación (FAA) en sus estudios de los vuelos del 11-S no hacen referencia alguna a las causas por las cuales las señales de los transpondedores de estos vuelos no fueron registradas.
• La actividad de los transpondedores no está definida en los parámetros del Registro Obligatorio de Data de Vuelos, y por tal motivo no puede ser establecida a través de grabaciones FDR. [9]
• Una publicación del Monitor de Ciencia Cristiana del 2001 afirmando que el transpondedor del Vuelo 11 fue apagado, fue desestimada por conjetural:

  “El transpondedor del Vuelo 11 dejó de funcionar. No emitía pulsaciones de radar … Aún así los controladores esperaban que el avión sólo tuviera problemas eléctricos … El controlador cree que el secuestrador tal vez desactivó el transpondedor del avión deliberadamente.” [10]

• En el caso de la desaparición del vuelo de Malaysian MH 370 en el año 2014, los medios no pasarían por alto lo que deberían haber sido evidencias obvias, si probar la desactivación manual de los transpondedores de un avión fuera posible. Por ejemplo:

  “ Kit Darby, un piloto de larga data, sostuvo el Martes que no estaba claro si el transpondedor fue apagado intencionalmente.” [11]

En cambio, hay una serie de evidencias que cuestionan si en realidad los secuestradores estuvieron siquiera a bordo de los aviones. [12]

Por lo tanto, lo dicho en los reportes acerca de la interrupción del funcionamiento de los transpondedores, no puede ser tomado como evidencia de la presunta toma de los vuelos del 11-S por los acusados, ni siquiera como evidencia de su presencia a bordo de las cabinas de esos aviones.